Der wissenschaftliche Beirat gibt Bewertungen und Empfehlungen zu allen wissenschaftsrelevanten Fragen der Forschung des iFQ. Er nimmt zur Aufgabenerfüllung des Instituts jährlich gegenüber dem Kuratorium und der Mitgliederversammlung des Trägervereins Stellung. Die Beiratsmitglieder werden auf Vorschlag des Vorstands durch die Mitgliederversammlung berufen.
Der Beirat setzt sich aus sachverständigen Persönlichkeiten mit ausgewiesener Expertise im Bereich der Forschungsevaluation und der Analysen des Wissenschaftssystems zusammen.