Das iFQ ist eine wissenschaftliche Einrichtung, die von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) als «Hilfseinrichtung der Forschung» gefördert wird. Das Institut ist als wissenschaftliche Einrichtung konzipiert und wird sich zunächst auf die Evaluierung der DFG-Förderprogramme konzentrieren. In der Aufbauphase hat das iFQ seinen Sitz in Bonn (vgl. ausführlich die Satzung und den Förderantrag), ab November 2011 in Berlin.

Wissenschaftlicher Leiter des Instituts ist der Sozialwissenschaftler Prof. Dr. Stefan Hornbostel. Verbunden mit der Leitung des Instituts sind der Vorsitz des Vereins und eine Professur an der Humboldt-Universität zu Berlin. Die gemeinsame Berufung soll eine enge Verzahnung des iFQ mit der Hochschulforschung und der Ausbildung des wissenschaftlichen Nachwuchses sicherstellen.

Getragen wird das iFQ durch einen nicht eingetragenen, gemeinnützigen Verein mit Sitz in Berlin. Begleitet wird die Arbeit des iFQ von einem Beirat, der sich aus ausgewiesenen Experten zusammensetzt. Als Aufsichtsgremium des Vereins fungiert das Kuratorium dessen Vorsitz die Deutsche Forschungsgemeinschaft inne hat .