Im Auftrag des Bundesministeriums für Bildung und Forschung (BMBF) wird das iFQ gemeinsam mit den wissenschaftlichen Partnern im Kompetenzzentrum Bibliometrie - dem Fraunhofer ISI und dem IWT der Universität Bielefeld - bis 2015 einmal jährlich bibliometrische Indikatoren für das Monitoring zum "Pakt für Forschung und Innovation" des BMBF ermitteln und bereit stellen.

Gegenstand der Analyse sind die quantitativen und qualitativen Publikationsleistungen ausgewählter Länder und Regionen sowie der vier großen Forschungsorganisationen Max-Planck-Gesellschaft, Fraunhofer-Gesellschaft, Helmholtz-Gemeinschaft deutscher Forschungszentren und Leibniz-Gemeinschaft.

Neben der Standardberichterstattung werden auch methodische Fragestellungen bearbeitet. Ziel hierbei ist eine verbesserte Erfassung der Aktivitäten der Forschungsorganisationen, welche sich hinsichtlich ihres Fächerprofils und Aufgabenspektrums sehr stark voneinander unterscheiden, um so zu ermöglichen, den institutionenspezifischen Unterschieden gerecht zu werden und die Binnenvarianz adäquat abzubilden.